Doğu Perinçek 17 Haziran 1942'de Gaziantep’te doğdu. Sadık ve Lebibe Perinçek’in oğludur. İlk çocukluk yıllarını babasının yedek subaylık ve yargıçlık görevleri nedeniyle Gaziantep, Antakya ve Diyarbakır’da geçirdi. Beş yaşından sonra Ankara’da büyüdü. Ankara Sarar İlkokulu, Atatürk Lisesi ve Bahçelievler Deneme Lisesi’nde ilk ve orta öğrenim gördü.

Üniversite yıllarında, 1962 ve 1963’te toplam 10 ay Almanya’da işçilik yaptı ve Almanca öğrendi. Haziran 1964'de Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi’ni bitirdi ve Kamu Hukuku (Devlet Teorisi ve Kamu Hürriyetleri) kürsüsüne asistan olarak girdi. 1968'de Hukuk doktoru olmuştur. Doktora tezinin konusu ve ilk kitabı, Türkiye’de Siyasi Partilerin İç Düzeni ve Yasaklanması Rejimi' dir. 1964 yılında dünya görüşü olarak Bilimsel Sosyalizmi benimsedi. 1967 yılında Dönüşüm dergisi Yazı Kurulu Üyesi ve Başyazarı idi. Almanya’da Türk Toplumcular Ocağı kurucusu ve ilk Genel Başkanı olmuştur. Türkiye İşçi Partisi (TİP) üyesi ve Bilim Kurulu Üyesi, Güvenlik Komitesi Başkanı, TİP içindeki Devrimci Muhalefet hareketinin önderlerindendir.

Mart 1968'de Fikir Kulüpleri Federasyonu Genel Başkanı olmuştur. Kasım 1968' de arkadaşlarıyla birlikte Aydınlık dergisini kurdu ve yayınlamaya başladı. Temmuz 1969'da İşçi-Köylü gazetesinin kurucusu ve başyazarı oldu. 12 Mart 1971 askerî darbesinden sonra yargılandı. 20 yıl hapis cezasına hükmedildi. Temmuz 1974’te genel afla serbest bırakıldı. 28 Ocak 1978'de Aydınlık davasının aklanmasıyla sonuçlanması üzerine Türkiye İşçi Köylü Partisi’nin kuruluşuna önderlik etti ve ilk Genel Başkan oldu.

20 Mart 1978'de Günlük Aydınlık gazetesinin kuruluşuna ve yayınına önderlik etti ve başyazarlık yaptı. 12 Eylül 1980 darbesinden sonra tutuklandı ve 1985 Martında serbest bırakıldı. Ocak 1987'de Haftalık 2000’e Doğru dergisinin yayınlanmasına önderlik etti. Genel Yayın Yönetmeni ve Başyazarlık görevlerinde bulundu. 10 Nisan 1990'da “Sansür Sürgün Kararnamesi”nin çıkarılmasıyla hakkında tutuklama kararı verildi. Diyarbakır Cezaevi’nde üç ay tutuklu kaldı. 1991 yılında TCK 141. maddesinin kaldırılmasıyla siyasal haklarına kavuştu ve Temmuz ayında Sosyalist Parti 2. Büyük Kongresi’nde Genel Başkanlığa seçildi.Temmuz 1992’de Sosyalist Parti’nin Anayasa Mahkemesi’nce kapatılması üzerine kurulan İşçi Partisi Genel Başkanı oldu. Ancak Perinçek hakkında 1991 seçimlerinde TRT’de yapılan Liderler Açık Oturumu’nda yaptığı konuşma nedeniyle Terörle Mücadele Yasası 8. maddeye dayanılarak verilen 14 ay hapis cezası uygulandı. Perinçek, 8 Ağustos 1999’a kadar 10 ay 10 gün Haymana Cezaevi’nde kaldı.

Daha sonra çıkan basın suçlarını erteleyen yasayla yeniden siyasal haklarına kavuştu ve 19 Ekim 1999 günü toplanan İşçi Partisi Olağanüstü Kongresi’nde yeniden genel başkan seçildi.

Perinçek, 21 Mart 2008 günü saat sabah 04:30 sıralarında, evine baskın yapılmak suretiyle, Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi ve baş yazarı, gazeteci İlhan Selçuk, eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu, Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni Ferit İlsever, Aydınlık Dergisi Genel Yayın Yönetmeni Serhan Bolluk, gazeteci Adnan Akfırat, işadamı İbrahim Benli ve koruması Yusuf Beşirik'in de aralarında bulunduğu isimlerle birlikte gözaltına alındı. Yapılan sorgunun ardından, Ergenekon Operasyonu soruşturması dahilinde, yasadışı örgüte üye olmak ve devlete ait gizli belgeleri bulundurmak gerekçesiyle tutuklandı.

Doğu Perinçek, çok iyi Almanca ve orta derecede İngilizce biliyor. Siyasal Bilgiler Fakültesi mezunu, gazeteci Şule Perinçek ile evli. Dört çocuğu vardır.